Монастырь был основан в 1171 г, княгиней Мариам, дочерью князя Кюрике Б Кюрикян в месте, где находилось одно из древнейших святилищ региона. Даже несмотря на то, что ни одно из строений монастыря не сохранилось в целости, от этого монастырь не перестает восхищать и впечатлять.
Монастырь Кобайр находится в регионе Лори, в деревне Кобайр. Название Кобайр происходит от грузинского «коб» и армянского «айр» и означает «пещера». Возможно, название связано с пещерами в окружающих монастырь скалах. Созвучие монастыря с окружающей природой впечатляет. Благодаря крутому и необычному местоположению, монастырский комплекс имеет недоступный вид. Все постройки и архитектура строений приспособлены к сложной местности.
В конце XII, начале XIII веков начинается расширение Кобайра. Монастырь от Кюрикянов переходит к княжескому дому Закарян. В это время строятся главная церковь, часовня-ризница, трапезная, колокольня-гробница, укрепительные сооружения. В средние века монастырь был одним из духовных, культурных и просветительских центров северной Армении. О деятельности и истории монастыря в XIV-XVI веках сохранились мало сведений. Только из отдельных записей на надгробных камнях можно сделать вывод, что здесь были похоронены представители княжеского рода. В рукописи XVII века Кобайр упоминается как пустынь, а уже в XVIII веке, как действующая церковь.
С XIII века монастырь становится халкидонским, но в XV-XVI веках снова переходит к Армянской церкви.
Монастырь состоит из трех церквей, колокольни-гробницы, трапезной, часовен, хачкаров и остатков стены. В скалах, окаймляющих монастырь есть труднодоступные пещеры и убежища. Монастырь Кобайр один из тех немногих мест, где сохранились армянские средневековые фрески. Они украшают большую церковь, часовню-ризницу, колокольню.
Большая церковь Катогике построена в XII веке. В основании главной церкви кладка характерна циклопическим постройкам, которая в верхнем слое превращается в ровную платформу, на которой стоит церковь. Это однонефная галерея. Сейчас она в полуразрушенном состоянии. Церковь особенно ценна благодаря сохранившимся фрескам. Они выполнены тремя рядами: вверху изображена Богоматерь и архангелы, в центре – «Причащение», а в нижнем ряду – святые. На стенах алтаря изображены пророки.
Церковь Мариамашен, старейшая из сохранившихся строений монастыря, стоит на краю скалы, к западу от Катогике. Это та самая церковь, которая была построена 1171 г, дочерью князя Кюрике Б Кюрикян Мариамом.
К северу от Катогике, в центре монастырского комплекса стоит колокольня-гробница. Согласно надписи на грузинском языке (во времена халкидонского влияния), сохранившемся на южной стене, колокольня построена в 1279 г.
К западу от колокольни находится трапезная XIII века, представляющая из себя прямоугольную залу, от которого сохранились только стены и часть сводчатой крыши.
Одна из самых больших пещер находится на пути к монастырю. Отсюда течет горный родник, который обеспечивал водой разные части монастыря. Древние пещеры в христианскую эпоху использовались как скиты. К северу от трапезной находятся развалины еще одной церкви – однонефной церкви XII века с сводчатой крышей. Рядом с церковью построена сводчатая часовня.
В разные времена, те, кто оказывал финансовую или материальную помощь монастырю, на стенах монастыря вырезали хачкары, которые назывались хачкарами пожертвования.
А если пройти от монастыря Кобайр, по невероятно красивой горной тропе дальше, можно дойти до еще одного древнего монастыря удобно расположенного в скалах, к монастырю Оромайр.