Монастырь Севанаванк возвышается на полуострове Севан, который до снижения уровня воды озера являлся островом. Раскопки показали, что люди здесь жили начиная с нового каменного и бронзового веков. Остров был окружен крепостными стенами бронзового века.
Монастырский комплекс стоит на юго-восточном склоне полуострова, на возвышении, благодаря чему он прекрасно виден как с озера, так и с прибрежных территорий. С высоты Севанаванка открывается прекрасный вид на синее зеркало озера и на закрывающие горизонт высокие горы.
Полуостров Севан с незапамятных времен был святым местом. Здесь был языческий жертвенник, который был разрушен, а на его месте, Григорием Просветителем в 305г была основана церковь Св. Воскресенья. Кроме того, он построил часовню Св. Ованес Карапет, посвященный царю Трдату.
По преданию, Григорий Просветитель и царь Трдат, после разрушения языческой святыни назвали остров «са э ван», что значит это монастырь, желая сказать, что языческий храм превратился в христианский монастырь. Наверняка с IV века остров, а затем и озеро стали называется Севан. До этого времени озеро звалось Гегаркуникским морем.
Существуют и другие версии возникновения слова Севан.
С момента основания Севанская пустынь была посвящена Св. Богоматери и двенадцати апостолам. После этого, на протяжении около 400 лет, нет сохранившихся сведений о Севане и его духовной жизни.
Настоящий рассвет духовной жизни Севанаванка начинается с IX века, стараниями католикоса Месропа А Егвардского. Дочь Ашота Багратуни Мариам в 874г. построила на острове трехнефную церковь Св. Апостолов - с крестообразным куполом. Кроме того, у подножия острова была построена церковь Св. Богоматери.
В начале десятого века Севанаванк уже был неприступной крепостью и именно здесь в 921г. король Ашот II Багратуни одержал победу над арабами.
Во время землетрясения 995 года были разрушены церковь Св. Воскресенья и часовня Св. Карапета, на месте которого в последствии была построена одноименная церковь.
Монастырь разрушался и во время нашествия монголов. Возрождение Севанаванка началось в XV веке. В 1451 здесь была основана школа, программа которой была составлена философами Татевского Университета.
Во времена самоуправства советской власти, по указу советов церковь Св. Богоматери была разрушена в 1931г. Камни церкви были использованы для строительства дома отдыха на Севане.
Последний монах покинул Севанаванк в 1930г.
Также монастырь пострадал во время землетрясения в 1936г.
Начиная с 1990г. Севанаванк возрождается и становится важным духовным центром Армении. Здесь действует духовная семинария, носящая имя католикоса Вазгена I. Севанаванк был крупным духовным центром. Монахи здесь занимались чтением и воспроизведением (копированием) Святого Писания.
Сегодня монастырский комплекс Севанаванк представлен двумя церквями - Св. Апостолов и Св. Карапет, развалинами притвора Св. Апостолов и молельни Св. Воскресения, частично восстановленными монашескими кельями и построенной в 2005 часовней для учащихся семинарии.
Церковь Св. Карапета и церковь Св. Апостолов в настоящее время являются полноценно действующими церквями.
Церковь Св. Апостолов с ризницей стоит на юго-западной стороне. Церковь увенчан восьмигранным барабанным куполом.
Церковь Св. Богоматери (Аствацацин) с восточной стороны имела две ризницы. С запада от церкви стоял четерехкуполный притвор, который был разрушен в 1930-ие. Столбы были украшены скульптурными капителями, уцелевшие части которых хранятся в Историческом музее Армении и в Эрмитаже.
Маленькая церковь Св. Карапет представляет собой купольное сооружение с тремя апсидами.